באמצע שנות החמישים (של המאה ה-20), לפני מבצע סיני, נבנו במשק שני המקלטים הראשונים מבטון.
עד אז היה בשילר מקלט ארעי מפחים ועצים שהוקם בשנת 1939, על הטרסות של הדשא הגדול.
המקלטים החדשים שנבנו היו: המקלט בגבעה ליד בית אורנים/סטודנטים, והמקלט ליד גן הילדים.
כדי לבנות את המקלטים חפרו בורות גדולים ועמוקים, ובתוכם יצקו מבטון מזויין את המבנה שרובו כוסה באדמה.
בנוסף לבטון הונחה שכבת פיצוץ בצורת סלעים שהובאו מאזור ירושלים, בהם חיפשו ילדי המשק מאובנים.
במקלטים אלו השתמשו בסה"כ שלוש פעמים:
פעם אחת במבצע סיני - 1956.
פעם במלחמת ששת הימים - 1967.
ופעם במלחמת יום כיפור - 1973.
היום המקלטים הללו אינם תיקניים ואינם עומדים בסטנדרטים הנדרשים של פיקוד העורף.
מאז נבנו עוד ארבעה מקלטים בסטנדרטים דומים, אך יותר גדולים:
מקלט אחד ליד בית התינוקות.
אחד ליד יוסי ברקן.
מקלט נוסף מאחורי הבית של חנן וצופיה גטריידה.
מקלט רביעי מול הנגריה - 1979.
כמו כן נבנה מקלט עילי בו שוכן כיום הסטודיו לגרפיקה של מתי רבד.
במקלטים אילו חסינו בזמן מלחמת המפרץ בחורף 1991 עקב התקפות הסקאדים על ישראל.
גם בקיץ 2014, במבצע "צוק איתן" פקדנו את המקלטים.
בנוסף לכל אלו נבנו במשק עוד מקלטים גדולים תוך כדי בניית מבני ציבור ותעשייה:
מתחת לאולם תרבות הישן (אולם טאקוונדו בהמשך)
מתחת לאקונומיה.
באולם המופעים.
מתחת למחסן בשילטקס.
חלק מהמקלטים משמשים לאיחסון סחורה וציוד עד היום.
כיום פרוסים במשק 11 מקלטים וניתן לסכם באמירה שטוב שיש מספיק מקלטים והכי טוב שלא נצטרך.
אמן.
